Program semináře se vytváří na začátku semestru ve spolupráci se studenty doktorského studia.
Doktorský seminář systematicky dialogickou formou rozvíjí rozbor problematiky, kterou studenti doktorského studia zpracovávají ve svých individuálních projektech. Seminář se schází pravidelně, jeho zasedání jsou otevřena také studentům magisterského a pokročilým studentům bakalářského studia.
Doktorské projekty jsou provázány s výzkumnými projekty Semináře obecných a komparativních dějin.