Židovské osídlení je v českých zemích doloženo prakticky od jejich historického počátku, tj. od raného středověku. Nejprve svobodní židovští podnikatelé přicházeli do střední Evropy za obchodem, po středověkých obchodních cestách z východu i západu, severu i jihu.
Praha, nejvýznamnější středisko zemské správy i obchodu ve středověkých Čechách, tak zcela logicky umožnila vzniknout nejstaršímu židovskému osídlení, které mělo zpočátku dočasný, velmi záhy však trvalý charakter. Původně svobodný stav židovských osadníků, z větší části kupců, se však záhy (cca od 12. století) začal významně proměňovat ve specifický vztah k panovníkovi i k ostatnímu obyvatelstvu. Židé se postupně dostávali do zvláštního právního postavení jako majetek panovníka.
Ve vztahu k církvi bylo pak rozhodujícím rozhodnutí IV. lateránského koncilu, jímž byla židovskému obyvatelstvu vnucena další omezení (jako např. předpisy o oblékání), zejména vyčlenění jejich obydlí do uzavřených prostor (ulic či čtvrtí, tj. ghett). I přes relativně úzce vymezený společenský prostor se řadě židovských mužů podařilo proniknout do vyšších společenských vrstev a alespoň na krátkou dobu ovlivňovat vývoj událostí.
Během středověku se židovské osídlení rozšířilo do dalších zprvu královských, záhy však i poddanských měst Čech a Moravy. Vliv na jeho rozsah měly různé události, docházelo i k útokům na židovské čtvrti, k tzv. pogromům, ovlivněných např. křižáckými taženími, přírodními katastrofami a epidemiemi. Židé byli podezírání z trávení studní, zneuctívání křesťanských symbolů i z rituálních vražd.
Mezi Židy a křesťany však současně existovaly i čilé styky. Židé mj. půjčovali peníze křesťanským měšťanům, jejichž zadluženost pak byla jedním z motivů pogromů. Tak tomu bylo např. na Starém Městě Pražském při pogromu 1389.
Specifickým období v českých dějinách je 15. století, kdy jsou Češi chápáni okolním světem jako kacíři a pokoušejí se hledat ideovou oporu pro své náboženské reformy. Na krátkou dobu dochází ke kontaktům mezi husity a židy.
Kontakty byly omezeny na intelektuální kruhy na obou stranách, byl to však přesto jeden z vrcholů vzájemného soužití během celého českého středověku.