Modul IIC je největší samostatnou součástí magisterského curricula 3. LF UK; začíná 6. týdnem 6. semestru a pokračuje až do konce IV. ročníku, takže trvá celkem 40 týdnů. Skládá z 19 kurzů o trvání 1 - 4 týdnů, které jsou zaměřeny na základní klinické problémy. Důraz je kladen na propojení výuky speciální patologie, speciální patologické fyziologie a speciální farmakologie s klinickými obrazy typickými pro dané skupiny základních klinických problémů, dále na rozvíjení schopnosti identifikovat problém, nacházet a analyzovat jeho příčiny. Student se v průběhu každého kurzu seznámí s příslušnými diagnostickými postupy, indikací a interpretací běžných laboratorních a zobrazovacích metod. Podle okolností je diskutována i syndromologická diferenciální diagnostika. Probírány jsou rovněž základní terapeutické možnosti, prognóza a preventivní opatření.
Zkouška z modulu IIC se koná na konci 8.semestru, doznala v posledních letech značných změn a její definitivní podoba se v současnosti stále hledá. Modulové zkoušce předchází samostatná zkouška z farmakologie.