Systémová farmakologie s klinickými aplikacemi je p řednášena převážně v 7. semestru a je prakticky totožná s tou, která se přednáší na lékařských fakultách. Jednotlivé farmako-terapeutické skupiny jsou přednášeny tak, aby farmaceut byl dobře orientován v systémové farmakologii a aby byl schopen podat pacientovi pravdivé informace o používání a možnostech ovlivnění účinku léku, indikacích, kontraindikacích, nežádoucích účincích a možných farmakologických interakcích, včetně léků volně prodejných.