Organická syntéza navazuje na pregraduální kursy základní organické chemie (Organická chemie I a II), orientované na vlastnosti látek a interkonverze funkčních skupin, a na postgraduální kurs Organická chemie. Cílem předmětu je seznámit studenty se z áklady designu syntéz komplexnějších organických molekul na základě principů retrosyntézy (rozpojení strategických vazeb).
Pozornost je věnována výstavbě uhlíkatého skeletu důležitých typů bioaktivních molekul, především heterocyklů a nízkomolekulárních přírodních látek. Dále jsou prohlubovány znalosti o moderních přístupech ke tvorbě vazby C-C, založených na katalýze tranzitními kovy a organokatalýze.