V rámci diplomového projektu, který je nosnou studijní povinností navazujícího magisterského studia, student zpracovává zadané téma. Téma může zahrnovat (dle studijního programu, specializace či zaměření) terénní výzkum, experimentální činnosti v laboratoři, případně další související odborné aktivity (přístupy bioinformatické, statistické, strukturálně biologické, psychobiologické a další).
Student se (kromě orientace v základních metodách zvolen ého vědního oboru) profiluje dle zvoleného tématu, seznamuje se s metodami, které jsou pro daný typ výzkumu specifické a aplikuje je na zkoumaný objekt. Učí se také konfrontovat použité metody a získané výsledky s dostupnými literárními údaji.
I proto je součástí diplomového projektu rovněž literární rešerše vedoucí k upřesnění tématu práce i výběru nejvhodnějších metodických postupů. V průběhu diplomového projektu student pravidelně konzultuje získané výsledky se školitelem.