Kurz práce s molekulárními daty v R

Sylabus

Přehled témat (může být upraven podle požadavků účastníků, rychlosti apod.):

Základy práce v R – jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.

Práce s Bioconductorem

Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.

Stažení sekvencí z databáze

Extrakce SNP ze sekvenačních dat

Extrakce polymorfismu ze sekvencí

Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence, …

Alignment

Manipulace s daty, konverze mezi formáty

Tvorba distančních matic, import vlastních matic

Export dat

Základní statistiky

PCoA

Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování

MSN

Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika

Práce s celogenomovými SNP daty

DAPC

Prostorové analýzy – Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA, …

Základy tvorby map

Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů

Phylogenetic independent contrast

Phylogenetic autocorrelation

Phylogenetic PCA

Ancestral state reconstruction

Další rozšiřující témata…

Prostor pro další speciální otázky účastníků, zápočty a konzultace vlastních dat účastníků bude zejména během posledního dne.

Anotace

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat. Kurz je vhodný spíše pro magisterské a doktorské studenty, pro bakalářské jen jsou-li velmi pokročilí.

Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz poběží turnusově 5 dnů, přičemž 4 dny poběží výuka a poslední den bude na zápočty a individuální konzultace. Tento poslední den účastníci mohou (což je vřele doporučeno), ale nemusí využít.

Kurz bude probíhat 29. 1.-2. 2. 2024 v Benátské 2 v učebně B12 od 9:00 do 16-17:00 (s dostatkem přestávek). Podle aktuální epidemiologické situace je možné, že kurz bude v hybridním módu (ne jen plně prezenčně) nebo plně on-line. Podrobnosti budou průběžně aktualizovány podle vývoje situace před kurzem.

Konzultace jsou možné kdykoliv po předchozí e-mailové domluvě.