Biostatistika II

Sylabus

Aktuální sylabus kurzu je v souboru Syllabus.doc.  

Rozpis jednotlivých přednášek je v Excelovém souboru Biostat2-rozpis-prednasek.xls.    

Anotace

Navazuje na přednášku Biostatistika a plánování ekologických pokusů a věnuje se tématům mnohorozměrné statistiky, s důrazem na zpracování ekologických dat. Přednáška předpokládá znalost základů jednorozměrné statistiky, zejména práce s lineárními modely.

Přednáška poběží turnusově. Ve školním roce 23/24 poběží v době zimního zkouškového období, ve dnech 8. a 9.1. a 15. a 16.1. v poslucharne BB (seminarium v B2). Dopoledne budou přednášky a odpoledne praktika. Začínáme v 9,00. Počítáme s přestávkou na oběd (tak hodinu) a odpoledním blokem praktik tak ca. do 4 hodin.

Na odpoledni praktickou cast je nezbytne, abyste meli vlastni pocitac a na nem nainstalovane R-ko (stahnout z www.r-project.org). Po instalaci R-ka si nainstalujte balicek vegan takto: Otevrit R -> Packages -> Install.packages, v objevivsim se menu vybrat server, z nejz chcete stahovat (neco blizko, typu Nemecko nebo Rakousko), a v dalsim menu vybrat vegan. Je samozrejme mozne pracovat i v prostredi RStudio.

Stručný syllabus kursu:

***********************

Úvod: typy problémů, typická datová struktura

Princip mnohorozměrných technik na příkladu analýzy hlavních komponent (PCA)

Předpoklady PCA, Standardisace dat používané v PCA

Metody pro data s nelineární strukturou: metody využívající vážených průměrů (korespondenční analýza)

Nepřímé a přímé gradientové techniky: v kterém okamžiku použít nezávislou informaci o prostředí

Kanonické techniky: RDA a CCA

Princip Monte Carlo testů

Analýza s kovariátami: jak odstranit vlivy nezávislých proměnných (typicky proměnných prostředí), které nejsou předmětem studia

Korelativní a manipulativní data v mnohorozměrné situaci

Použití kanonických mnohorozměrných technik pro vyhodnocení dat z manipulativních pokusů (analogie ANOVA)

Speciální případy v randomisačních testech (blokové uspořádání pokusu, "split-plot design", opakovaná měření a další)

Ordinační techniky postavené na matici vzdáleností: mnohorozměrné škálování

Základní klasifikační techniky