4. Základy molekulární taxonomie hub, izolace houbové DNA. Povaha a typy molekulárních znaků používaných v mykologii. Biochemické markery.
\r\n3. lekce (Kolařík) čtvrtek 15.10
\r\n5. DNA sekvence, jejich zpracování a práce s databázemi. PCR fingerprinting. Analýza environmentálních vzorků.
\r\n4. lekce (Kolařík) čtvrtek 22. 10.
\r\n6. Příklady využití v taxonomii a populační genetice. Definice druhu. Studium speciace a vymezení druhové hranice u hub. Využití mol. metod při studiu diverzity hub.
\r\n5. lekce (Kolařík) čtvrtek 29.10
\r\n\r\n
FYZIOLOGIE HUB
\r\n1. Úvod, příjem živin a fyziologie výživy, transport, houby a těžké kovy. Fyziologie růstu a rozmnožování.
\r\n6. lekce (Gryndler) čtvrtek 5.11
\r\n2. Vliv fyzikálních a chemických vlastností prostředí na houbový organizmus. Komunikace a přenos informací mezi houbovou buňkou a vnějším prostředím.
7. lekce (Gryndler) čtvrtek 12.11
\r\n
SEKUNDÁRNÍ METABOLISMU – BIOLOGICKY AKTIVNÍ LÁTKY
\r\n1. Mykotoxiny - výskyt a význam, základní typy onemocnění. Rozdělení dle způsobu biosyntézy. Mykotoxiny a jejich koncentrace v potravinách. Faktory růstu a produkce.
\r\n2 Přehled základních mykotoxinů: struktura, výskyt, význam, limity, toxicita, stabilita
\r\n8. lekce (Flieger) čtvrtek 19. 11
\r\n3 Metodická průprava. Extrakci, purifikaci, separaci a detekci. TLC, HPLC, MS, NMR. Identifikace neznámých látek.
\r\n9. lekce (Flieger) čtvrtek 26.11
\r\n\r\n
BIODIVERZITA HUB
\r\n1. Biodiverzita hub v ČR, Evropě a ve světě, metody studia biodiverzity hub.
\r\n2. Počty druhů hub v různých ekosystémech a v různých částech světa.
\r\n3. Faktory ovlivňující biodiverzitu hub na nejrůznějších úrovních s příklady z některých dobře prozkoumaných skupin hub.
\r\n10. lekce (Holec) čtvrtek 3.12
\r\n\r\n
EKOLOGIE HUB
\r\n1. Dekompozice opadu, půda. Typy rozkladu dřeva. Koprofilní, keratinofilní a anthrakofilní houby. Houby v horninách a nerostech, zvětrávání. Houby ve vodním prostředí.
\r\n11. lekce (Koukol) čtvrtek 10.12
\r\n2. Endofyti a další symbiózy s rostlinami. Trofické interakce hub s bakteriemi, protisty, bezobratlými a obratlovci. Nematofágní houby a houby asociované s hmyzem. Kompetice hub.
\r\n 12. lekce (Koukol) čtvrtek 17.12
e-mail: miroslav.kolarik@natur.cuni.cz, tel. 777880129
\r\nRozvrh lekcí pro zimní semestr šk. roku 2016/17
\r\n\r\n
Where?Seminárium B2, Benátská 2, Praha 2
\r\nWhen?Thursday, 12:20-14:40.
\r\nWho? Miroslav Kolařík (katedra botaniky Přf UK/MBÚ AVČR)
\r\nMilan Gryndler (MBÚ AVČR)
\r\nOndřej Koukol (katedra botaniky Přf UK)
\r\nKarel Prášil (katedra botaniky Přf UK)
\r\nJan Holec (Národní Muzeum v Praze)
\r\n\r\n
1. Introduction and organismal level
\r\n1.1. History of fungal classification and their position in tree of the tree of live
\r\n1.2. Vegetative thalus, dimorphism, polymorphism, pleomorphism
\r\n1.3. Sexual reproduction and associated morphological structures
\r\n1.4. Asexual reproduction and associated structures, conidiogenesis
\r\n1. lesson (Prášil) 6.10.
\r\n\r\n
2. FUNGAL PHYSIOLOGY
\r\n2. 1. Introduction, nutrient income, physiology, transport. Fungi and heavy metals.
\r\n3. lesson (Gryndler) 13. 10
\r\n2. 2. Physiology of growth and reproduction.
\r\n4. lesson (Gryndler) 20.10
\r\n2.3. Effect of physical and chemical characters on fungi.
2.4. Communication between fungi and with their environment.
5. lesson (Gryndler) 27.10
\r\n\r\n
3. FUNGAL ECOLOGY
\r\n3. 1. Decomposition of litter and wood. Soil, excrement, keratinophylic and anthracophylic fungi. Rock fungi. Aquatic fungi.
\r\n6. lesson (Koukol) 3.11
\r\n3.2 Endophyte and other symbiosis with plants. Trophic interactions with bacteria, protists, invertebrates and vertebrates. Nematophagous fungi and fungi associated with insect. Competition in fungi.
\r\n7. lesson (Koukol) 10.11
\r\n3.3 Fungi and humans, biotechnology, fungi in silico. Fungi versus technology - contamination and degradation.
\r\n8. lesson (Koukol) 17.11
\r\n\r\n
4. BIODIVERSITY OF FUNGI
\r\n4.1. Fungal diversity of fungi in Czech R, Europe and worldwide. Methods used in diversity inventories.
\r\n4.2. Species numbers in relation to various habitats and geographical regions.
\r\n4.3. Factors affecting fungal diversity on various levels.
\r\n2. lesson (Holec) 24.11
\r\n
5. FUNGAL GENETICS
\r\n5. 1. Genetics of sexual reproduction.
\r\n5. 2. Genetics of asexual reproduction. Parasexual cycle.
\r\n9. lesson (Kolařík) 1.12
\r\n5.3. Fungal genome. Flow cytometry in mycology.
\r\n
5.4. Fundamentals of molecular taxonomy, isolation of fungal DNA. Molecular markers used.
10. lesson (Kolařík)8.12
\r\n5.5. PCR fingerprinting. Environmental sample analysis.
\r\n11. lesson (Kolařík) 15.12
\r\n5.6. Genes used in molecular taxonomy and identification. Paralogs. Databases. Hybridization.
\r\n 12. lesson (Kolařík) 5.1
e-mail: miroslav.kolarik@natur.cuni.cz, tel. 777880129
Rozvrh lekcí pro zimní semestr šk. roku 2016/17
Where?Seminárium B2, Benátská 2, Praha 2
When?Thursday, 12:20-14:40.
Who? Miroslav Kolařík (katedra botaniky Přf UK/MBÚ AVČR)
Milan Gryndler (MBÚ AVČR)
Ondřej Koukol (katedra botaniky Přf UK)
Karel Prášil (katedra botaniky Přf UK)
Jan Holec (Národní Muzeum v Praze) 1. Introduction and organismal level 1.1. History of fungal classification and their position in tree of the tree of live 1.2. Vegetative thalus, dimorphism, polymorphism, pleomorphism 1.3. Sexual reproduction and associated morphological structures 1.4. Asexual reproduction and associated structures, conidiogenesis 1. lesson (Prášil) 6.10. 2. FUNGAL PHYSIOLOGY 2. 1. Introduction, nutrient income, physiology, transport. Fungi and heavy metals. 3. lesson (Gryndler) 13. 10 2. 2. Physiology of growth and reproduction. 4. lesson (Gryndler) 20.10 2.3. Effect of physical and chemical characters on fungi. 2.4. Communication between fungi and with their environment. 5. lesson (Gryndler) 27.10 3. FUNGAL ECOLOGY 3. 1. Decomposition of litter and wood. Soil, excrement, keratinophylic and anthracophylic fungi. Rock fungi. Aquatic fungi. 6. lesson (Koukol) 3.11 3.2 Endophyte and other symbiosis with plants. Trophic interactions with bacteria, protists, invertebrates and vertebrates. Nematophagous fungi and fungi associated with insect. Competition in fungi. 7. lesson (Koukol) 10.11 3.3 Fungi and humans, biotechnology, fungi in silico. Fungi versus technology - contamination and degradation. 8. lesson (Koukol) 17.11 4. BIODIVERSITY OF FUNGI 4.1. Fungal diversity of fungi in Czech R, Europe and worldwide. Methods used in diversity inventories. 4.2. Species numbers in relation to various habitats and geographical regions. 4.3. Factors affecting fungal diversity on various levels. 2. lesson (Holec) 24.11 5. FUNGAL GENETICS 5. 1. Genetics of sexual reproduction. 5. 2. Genetics of asexual reproduction. Parasexual cycle. 9. lesson (Kolařík) 1.12 5.3. Fungal genome. Flow cytometry in mycology. 5.4. Fundamentals of molecular taxonomy, isolation of fungal DNA. Molecular markers used. 10. lesson (Kolařík)8.12 5.5. PCR fingerprinting. Environmental sample analysis. 11. lesson (Kolařík) 15.12 5.6. Genes used in molecular taxonomy and identification. Paralogs. Databases. Hybridization. 12. lesson (Kolařík) 5.1
Status of Fungi and their position in the Kingdoms of living nature, phylogeny of Fungi. The cell level: biology of the fungus' cell, the comparative ultrastructure of Fungi, the membrane systems and transport, communication of fungus' cell and environment.
The organismal level: fungal thallus, dimorphism and pleomorphism in fungi, dikaryotic fungi, expression of sexuality, sexual and asexual reproduction, conidiogenesis. Physiology of the nutrition, growth and reproduction.
Genetics of sexual reproduction, genetic analysis of meiospores sets, parasexual hybridization. Molecular taxonomy and DNA based identification.
Genome structure. Moleuclar markers used.
Databases. Analysis of environmental samples.