Program seminářů se každý rok liší (aktuální je vždy k disposici na webových stránkách programu). Obvykle se během roku vystřídají následující typy seminářů:
1. referáty o průběhu řešení diplomových prací
2. krátké prezentace témat nově zahajovaných prací
3. odborné prezentace s vazbou na konkrétní projekty či témata řešená v rámci programu
4. přednášky zvaných expertů
Hlavním cílem seminářů evoluční biologie je prezentace práce studentů před plénem programu a následná diskuse nad jejich výsledky, což umožňuje studentům procvičit si přípravu kvalitní odborné prezentace a získat průběžnou zpětnou vazbu. Studenti magisterského studia referují v každém semestru o průběhu přípravy a př ípadných problémech při zpracování své diplomové práce.
Druhým účelem semináře je seznamovat se zajímavými tématy z oboru, prezentovanými jak členy akademické obce fakulty, tak i externisty. Tyto semináře bývají často organizovány společně s jinými programy. Snahou je alespoň jednou ročně zajistit přednášku zahraničního odborníka.