Struktura a vlastnosti inf. biopolymerů

Sylabus

Přednáška bude nahrávána vyučujícím (zvuk + promítaný obraz). Tyto materiály budou přístupné on-line. 

TÉMATA:

Struktura a vlastnosti DNA, RNA a jejich stavebních podjednotek

Konformační polymorfismus, sekvenční polymorfismus, strukturní anomálie a topologie DNAElektronová mikroskopie nukleových kyselinDenaturace a reasociační analýza nukleových kyselin, reasociační sondy a matrice (microarrays)

Struktura a vlastnosti proteinů a jejich podjednotek

Sanovení molární hmotnosti proteinových molekulHmotnostní spektrometrie proteinů

Přehled separačních a purifikačních technik

Sedimentační analýza biopolymerů, metoda pohyblivého rozhraní, diferenciální, izokinetická a izopyknická centrifugaceElektroforetická analýza a separace biopolymerů včetně pulzní elektroforézyChromatografie

Stanovení koncentrace informačních biopolymerů (spektrofotometrie, fluorimetrie a kolorimetrie)

Detaily kvantitativní polymerázové řetězové reakce (Real-time PCR neboli qPCR)

Sekvenování DNA, RNA a proteinů

Určování struktury a interakcí DNA, RNA a proteinů (základy využítí MS, NMR, RTG-difrakce)Metody sledování genové exprese, resp. zastoupení různých RNA nebo proteinů v biologických objektech

Velká část praktických cvičení využívá program PyMOL. Je vhodné nosit s sebou na cvičení vlastní notebook (vyučující ohlásí předem, kdy to ne/bude potřeba). 

Anotace

Přednáška se zaměřuje na konformaci informačních biopolymerů (proteinů a nukleových kyselin) včetně konformačního a sekvenčního polymorfizmu DNA, anomálií ve struktuře molekul a modifikací a topologie DNA. Popisuje vlastnosti biopolymerů, které jsou důležité pro jejich funkci, identifikaci, stanovení koncentrace, separaci, izolaci, sekvenování, denaturaci, reasociaci, degradaci, modifikaci a sledování jejich vzájemných interakcí.

Dále jsou popsány separační a analytické metody důležité pro genové inženýrství, genomiku, transkriptomiku a proteomiku. Přednáška navazuje na Molekulární biologii a je doplňkem Genového inženýrství.

Výuka bude probíhat prezenčně/distančně dle aktuálně platných nařízení. Každopádně budou sdíleny nahrávky (starších) přednášek.

Odkaz pro případnou distanční výuku bude rozeslán zapsaným studentům mailem.