Od genomu k proteomům

Sylabus

1. DNA DNA, genom (anotace genomů), organizace, proteiny vázající genom, replikace - regulace elongace replikace, kolize repl. a transkripce, nukleové kyseliny jako "počítače".

2. RNA I Transkripce: iniciace tnx v detailu-kinetika (např. closed, open complex), malé molekulové effektory (ppGpp, iNTP), elongace, pausing, terminace, prokaryotická "čepička", nanoRNA.

3. RNAII Transkripce, alternativní sigma faktory (sigma K), transkripční faktory,transkriptomické experimenty: microarrays, chip on chip, RNAseq.

4. Regulace genové exprese Riboswitches, phosphoswitches, ribozymes.

5. Malé RNA Malé RNA v bakteriích (6S RNA, tmRNA, porovnání s eukaryoty).

6. Adaptace na nepříznivé podmínky Kaskáda sigma faktorů - kompetence - kanibalismus - sporulace, bistabilita, bet hedging, Deinococcus, systémy toxin-antitoxin.

7. Tvar buňky Buňka jako celek/tvar - MreB, spirály MinCDE, lokalizace, nanotubes.8. Regulace translace.9. Proteiny Proteomy a další -omy, přístupy, výsledky, modely / databáze.10. Syntetická biologie -  vznik, přístupy; aplikace základního výzkumu

Anotace

Přednáška je založena na primárních datech z publikací. Přednáška ilustruje, jak dojde k vytvoření modelů/představ o funkci buňky na základě konkrétních exprimentálních výsledků.

Cílem přednášky je prohloubit kritické přemýšlení o experimentech a jejich interpretaci. Přednáška předpokládá základní znalosti molekulární biologie.

Nicméně, experimentální přístupy/informace nutné k pochopení budou vysvětleny. DŮRAZ BUDE KLADEN NA LOGIKU MYŠLENÍ A NIKOLI MEMOROVÁNÍ INFORMACÍ.