Sylabus
PSK01 Základní charakteristiky buněčných signálních sítí
PSK02 cAMP – proteinkinasa A – CREB Od stimulace GPCR po aktivaci transkripčního faktoru CREB - proteinkinasa A jako základ pro pochopení dalších kináz
PSK03 MAPKinasové kaskády - Jun Od mitogenní stimulace či působení stresových faktorů po aktivaci transkripčních faktorů komplexu AP1 - MAPKinasové moduly
PSK04 Insulinový receptor - PI3Kinasy - FoxO Od aktivace insulinového receptoru přes tvorbu C3-fosforylovaných inosititdů po změny transkripce prostřednictvím FoxO - tyrozínová fosforylace a protein-proteinové interakce
PSK05 AGC kinasy - GSK3 - PP1 Regulace metabolismu glykogenu - od insulinového receptoru po glykogensythasu - AGC kinasy, kinasa GSK3, fosfatasa PP1 - role defosforylace proteinů
PSK07 Jaderné hormonální receptory Od steroidního ligandu po změny transkripčního faktoru - funkční architektura hormonálních receptorů
PSK08 Jaderné receptory - koregulátory a chromatin Od jaderného receptoru po změny transkripce - transkripční koregulátory a změny na úrovni chromatinu
PSK10 kinasa ATM - p53 - inhibitor CDK p21 Od poškození DNA po regulaci buněčného cyklu - tumorový supresor p53, inhibitory cyklin-dependentních kináz
PSK11 signalizace TGFβ a inhibitory CDK Od ligandů přes receptorové PK po transkripční faktory Smad; regulace exprese a principy fungování inhibitorů cyklin-dependentních kináz
PSK12 NFkappaB/Rel - fosforylace a dva typy ubiquitinylace Od vazby cytokinů na receptory po změny fungování transkripčních faktorů v jádře - regulovaná proteolýza v přenosu signálu
PSK13 Signalizace Myc/Max a protein pRb Mitogenní signalizace Myc/Max a fungování pRb a E2F; Myc jako transkripční faktor řídící elongaci transkripce
Anotace
Předmět podává pokročilý pohled na fungování signálních drah s důrazem na klíčové dráhy fungující v ontogenezi Metazoa.
Obecné charakteristiky buněčných signálních sítí
Kontextualita odpovědi na sledovaný signál, specificita receptorů vůči „prvním poslům"
Zesílení signálu na cestě od receptoru k efektorům, rozbíhání a sbíhání drah, existence uzlů, crosstalk
Kompartmentalizace přenosů pomocí membrán a proteinových skeletů
Vysoká mobilita signálních komponent
Kódování signálu amplitudou a frekvencí změny koncentrace „posla"
Využití reverzibilních posttranslačních modifikací , indukce proximity jako signál
Modulární výstavba signálních proteinů, rekogniční kódy, kombinatorická komplexita signálních elementů
Využití proteinových a RNA-"lešení" pro vznik signálních partikulí, využití řízeného foldingu a řízené proteolýzy signálních proteinů
Kooperativní charakter buně čných odpovědí , kvantitativní limity pro vznik kvalitativních změn, konsolidace signálu uspořádané spouštění buněčných efektorových systémů, desenzitizace
Protein-protein a protein-DNA rekognice
S/T-specifické kinázy a fosfatázy (PKA), Y-specifické kinázy (Src), Receptory s Y-kinázovou aktivitou (InsR)
Nadrodina steroidních-thyroidních receptorů
NF-kappaB, p53/pRb, TGF-beta/Smad, Delta/Notch/CBF
Koregulátory a histonový rekogniční kód
Integrovaný model regulace genové exprese eukaryot