1. týden Úvod do sekvenování jednotlivých buněk RNA
Týden 2. Úvod do R a bioconductor
Týden 3. Kontrola kvality dat
4. týden Normalizace velikosti knihovny
5. týden Odstranění nežádoucích zmatků
6. týden Clusterová analýza
7. týden Výběr genu
8. týden Analýza diferenciální exprese
Týden 9. Inference trajektorie
10. týden Meta-analýza
11. týden Sekvenování čte kontrolu kvality
12. týden Mapování scRNA čte na geny
Single-cell RNA-seq data analysis
\r\nSummer 2019
\r\nCharles University
\r\n\r\n
Course Description:
\r\nBasic computer skills for processing, visualizing, and interpreting single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data. Basic R programming will be introduced. Publicly available scRNA-seq data from current biology research will be used to illustrate the steps involved in the analysis.
\r\n\r\n
Instructor:
\r\nJoe Song (joemsong@cs.nmsu.edu)
\r\nFulbright Visiting Professor, Department of Cell Biology, Charles University
\r\n
Professor of Computer Science, Faculty Member of Molecular Biology
New Mexico State University
\r\n
Prerequisite:
\r\n1. Basics of molecular biology.
\r\n2. Some exposure to programming languages such as R, SAS, Python, C/C++, or MATLAB are highly desirable. However, the course will introduce the basics of R programming.
\r\n\r\n
Meeting time:
\r\nMondays 14:50—16:20 from 18/02/2019 to 17/05/2019 (13 weeks)
\r\nExamination period 27/05/2019 to 30/06/2019
\r\n\r\n
Projects:
\r\nSelect a scRNA-seq data set of interest to their own research. Then apply the data analysis methods learned in class on the data set.
\r\n\r\n
Grading:
\r\nProject assignments 80%
\r\nFinal project presentation 20%
\r\n\r\n
Textbook:
\r\nMartin Hemberg et al. Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data.
\r\n(PDF file will be distributed for free.)
\r\n\r\n
Topics:
\r\nWeek 1. Introduction to single cell RNA sequencing
\r\nWeek 2. Introduction to R and bioconductor
\r\nWeek 3. Expression data quality control
\r\nWeek 4. Normalization of library size
\r\nWeek 5. Removing unwanted confounders
\r\nWeek 6. Cluster analysis
\r\nWeek 7. Gene selection
\r\nWeek 8. Differential expression analysis
\r\nWeek 9. Trajectory inference
\r\nWeek 10. Meta-analysis
\r\nWeek 11. Sequencing reads quality control
\r\nWeek 12. Mapping scRNA reads to genes
\r\n\r\n
","inLanguage":"en"}]}
Témata:1. týden Úvod do sekvenování jednotlivých buněk RNATýden
2. Úvod do R a bioconductorTýden
3. Kontrola kvality dat4. týden Normalizace velikosti knihovny5. týden Odstranění nežádoucích zmatků6. týden Clusterová analýza7. týden Výběr genu8. týden Analýza diferenciální expreseTýden
9. Inference trajektorie10. týden Meta-analýza11. týden Sekvenování čte kontrolu kvality12. týden Mapování scRNA čte na geny
Základní počítačové dovednosti pro zpracování, vizualizaci a interpretaci jednobuněčných dat RNA-seq (scRNA-seq). Bude představeno základní programování R.
Pro ilustraci kroků zapojených do analýzy budou použity veřejně dostupné údaje o scRNA-seq z aktuálního biologického výzkumu.