Program seminářů se každý rok liší (aktuální je vždy k disposici na webových stránkách katedry ekologie). Obvykle se během roku vystřídají následující typy seminářů:
1. referáty o průběhu řešen í diplomových a doktorských prací
2. krátké prezentace témat nově zahajovaných prací
3. odborné prezentace s vazbou na konkrétní projekty či témata řešená na katedře
4. přednášky zvaných expertů
Hlavním cílem seminářů katedry ekologie je prezentace práce studentů (bakalářských, magisterských i doktorských) před plénem katedry a následná diskuse nad jejich výsledky, což umožňuje studentům procvičit si přípravu kvalitní odborné prezentace a získat průběžnou zpětnou vazbu. Studenti bakalářského studia představují během třetího ročníku budoucí téma své bakalářské práce, případně i své aktuální výsledky. Studenti magisterského studia referují každoročně o průběhu své diplomové práce.
Druhým účelem semináře je seznamovat se zajímavými tématy z oboru, prezentovanými jak členy katedry, tak externisty. Tyto semináře bývají často organizovány společně s jinými katedrami. Snahou je alespoň jednou ročně zajistit přednášku zahraničního odborníka. Na odborné semináře s hydrobiologickou tématikou jsou zváni i mimofakultní členové České limnologické společnosti.