Pokročilé praktikum z biochemie pro KATA

Sylabus

Úlohy:

INF/PYM - základy bioinformatiky a vizualizace biomolekul v programu PyMol

IEX - Separace protenů pomocí iontově výměnné chromatografie na FPLC

IMAC & WB - Izolace, purifikace, elektropřenos a imunodetekce proteinu připraveného heterologní expresí

X - krystalizace proteinů a metody studia struktury biomakromolekul

PCR - Polymerasová řetězová reakce DNA, rtPCR

LIT - citační manager + práce s odbornou literaturou

Kurz je ukončen vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce.

Návody a další podklady potřebné k vypracování jednotlivých úloh jsou k dispozici na výše odkazované webové stránce MOODLE - klíč pro zápis do kurzu obdržíte během úvodní hodiny!

Anotace

Praktikum probíhá oba dva dny v týdnu, v pondělí i úterý! Rozpis jednotlivých úloh je přístupný po přihlášení v Moodle po jeho sestavení po úvodní schůzce spojené se školením bezpečnosti práce, rozdělením studentů do pracovních skupin (dvojic). Na úvodní schůzce budou upřesněny informace ohledně organizace, bezpečnosti a absolvování této schůzky je pro vstup do praktika povinné.

Cílem praktika je seznámit studenty s běžnými i pokročilými instrumentálními metodami používanými nejen v biochemii, jako je extrakce látek z přírodního materiálu, UV/VIS absorpční spektrofotometrie, chromatografické techniky (FPLC, iontově výměnná, afinitní chromatografie), elektromigrační metody (agarosová a SDS polyakrylamidová elektroforéza pro separaci a vizualizaci DNA a proteinů, Western blot - elektropřenos proteinů s následnou imunodetekcí), krystalizace proteinů a metody jejich strukturního výzkumu, PCR amplifikace DNA a odvozené techniky práce s DNA (klonování, real-time PCR resp. kvantitativní Q-PCR).

Vedeni snahou o větší přiblížení toto pokročilého praktika k reálné vědecké práci, začleňujeme do některých úloh prvky problémového vyučování, kdy studenti po odpovídající teoretické přípravě sami navrhují postup řešení problému.

Součástí praktika je také praktický kurz práce s programem pro vizualizaci biomolekul (PyMol), praktické základy bioinformatiky, seznámení se s technikou vyhledávání v biochemických informačních zdrojích, práce s odbornou literaturou a vyhodnocování výsledků. Kurz je ukončen seznámením s principy členění textu i formálních náležitostí platných pro vypracovávání odborných prací (např. bakalářské práce či vědeckých publikací) a následným vypracováním "protokolu" z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce, jejím včasným odevzdáním a ústní diskuzí ("obhajobou").