Úvod do systému Linux, soubory, procesy, příkazová řádka
Základy programování v jazyce C
Základní koncepty teoretické chemie:
Časově nezávislá Schrödingerova rovnice
Bornova-Oppenheimerova aproximace
Plochy potenciální energie; minima, sedlové body, konické intersekce
Optimalizace geometrie, výpočet harmonických vibračních frekvencí a dalších vlastností
Empirické a semiempirické výpočty, molekulová mechanika:
Párový potenciál, force fields, molekulová mechanika
Kombinace QM/MM, metoda onion
Neempirické výpočty:
Metoda HF
Post-HF metody, korelační energie
Metoda DFT
Molekulová dynamika a metody Monte Carlo:
Přehled MD metod
Klasické trajektorie, Verletův algoritmus
Výpočet termodynamických vlastností z MD trajektorií
Monte Carlo výpočty
Computer as a tool in theoretical chemisty:
Introduction
\r\nto the Linux operating system, files, processes, command line
Introduction
\r\nto C programming
Fundamental concepts of theoretical chemistry:
Time-independent
\r\nSchrödinger equation
Born-Oppenheimer
\r\naproximation
Potential
\r\nenergy surfaces; minima, saddle points, conical intersections
Geometry
\r\noptimization, calculation of harmonic vibrational frequencies
Empirical and semiempirical calculations, molecular
\r\nmechanics:
Pair
\r\npotential, force fields, molecular mechanics
QM/MM
\r\ncombination, onion method
Non-empirical calculations:
HF method
Post-HF
\r\nmethods, correlation energy
DFT method
Molecular dynamics and Monte Carlo methods:
Overview of
\r\nMD methods
Classical
\r\ntrajectories, Verlet algorithm
Computation
\r\nof thermodynamic properties from MD trajectories
Monte Carlo
\r\ncalculations
Počítač jako nástroj teoretické chemie:Úvod do systému Linux, soubory, procesy, příkazová řádkaZáklady programování v jazyce CZákladní koncepty teoretické chemie:Časově nezávislá Schrödingerova rovniceBornova-Oppenheimerova aproximacePlochy potenciální energie; minima, sedlové body, konické intersekceOptimalizace geometrie, výpočet harmonických vibračních frekvencí a dalších vlastnostíEmpirické a semiempirické výpočty, molekulová mechanika:Párový potenciál, force fields, molekulová mechanikaKombinace QM/MM, metoda onionNeempirické výpočty:Metoda HFPost-HF metody, korelační energieMetoda DFTMolekulová dynamika a metody Monte Carlo:Přehled MD metodKlasické trajektorie, Verletův algoritmusVýpočet termodynamických vlastností z MD trajektoriíMonte Carlo výpočty
Tato přednáška je úvodním kurzem výpočetní kvantové chemie, zaměřeným z praktického pohledu chemika, který ji chce aplikovat. Teoretické metody nejsou probírány do hloubky, spíše je kladen důraz na širší přehled problematiky a provádění výpočtů na počítači.