Fyzika proteinů

Sylabus

1)Úvod, proteiny, aminokyseliny 2)Molekulární interakce a jejich teorie 3)Termodynamika proteinů. Hydrofobní efekt a jeho příspěvek k volné energii, elektrostatika 4)Sekundární strukturní prvky - jejich význam a kinetika. 5)Statistická mechanika polymerů 6)Formování sekundární struktury v proteinech a volná energie. 7)Fibrilární proteiny a globulární proteiny, rovnováha alfa helikákních a beta list struktur. 8)Membrány a membránové proteiny. 9)Sbalování proteinů 10)Denaturace proteinů a charakteristika tranzitního stavu.

Kooperativita. 11)Kinetika sbalování proteinů. 12)Predikce a design proteinů, bioinformatika. 13)Funkce proteinů, enzymy, docking a návrh léčiv.

Anotace

Cílem přednášky je podat ucelený fyzikální popis proteinů, jejich struktury a funkce v termínech statistické termodynamiky, biofyzikálních metod a výpočetní chemie. Hlavní důraz bude kladen na protein jako heteropolymer jehož vlastnosti a chování jsou odvislé od jeho vnitřní kompozice a vnějších podmínek.

Jedním z nejdůležitějších procesů spojených s proteiny a jejich chováním je sbalování proteinů a jeho kinetika. Souvislot těchto procesů s funkcí a stabilitou proteinů budou take součástí náplně kursu jakož bioinformatiké metody používané pro analýzu a de novo design proteinů.