Posluchači se přihlašují na jednotlivé projekty na základě témat vypsaných na jednotlivých pracovištích. V průběhu semestru vedoucí práce sleduje průběh projektu. Zároveň školitelská laboratoř připravuje se studentem samostatné krátké (10 min) vystoupení, aby bylo k dispozici pro seminář z medicinální chemie v letním semestru.
Projekty mají převážně charakter malého vědeckého projektu (například grantového) a získané výsledky jsou často podkladem pro publikaci v impaktovaném vědeckém časopise.
Po zapsání na projekt, k němuž dochází v hned v prvním semestru studia naváže student okamžitě kontakt se školitelskou laboratoří, a ihned se zapojí do zaškolení v jednotlivých experimentálních technikách a seznámí se s obsluhou přístrojů. Další průběh projektu, který trvá až do posledního semestru, je již individuální. U syntetických projektů se obvykle jedná o přípravu nových typů sloučenin (obvykle vícestupňovými postupy), jejich izolaci a charakterizaci pomocí spektrálních metod. Často jsou v r ámci práce vyvíjeny nové nebo optimalizovány již popsané syntetické metody. Biologické vlastnosti připravených látek jsou obvykle stanovovány na spolupracujících pracovištích.
O projektu je pak v posledním semestru studia sepsána a předepsaným způsobem podána a obhájena písemná diplomová práce v rozsahu přibližně 50 stran textu. Práce sestává z přehledu problematiky (literární rešerše), výsledkové části a diskuze, experimentální části s detailním popisem jednotlivých postupů, a je doplněna literárními odkazy. Při obhajobě práce pak diplomant seznámí odbornou komisi v 10 minutách s pomocí PowerPointové prezentace se svými výsledky, a dále odpovídá v 10 minutách na dotazy komise a odborné veřejnosti. Práce je k dispozici ve formě papírové kopie a dále elektronicky jako .pdf soubor v elektronickém systému SIS.