Posluchači se přihlašují na jednotlivé projekty na základě témat vypsaných na jednotlivých pracovištích. V průběhu semestru vedoucí práce sleduje průběh projektu. Zároveň školitelská laboratoř připravuje se studentem samostatné kr átké (10 min) vystoupení, aby bylo k dispozici pro seminář organické chemie v letním semestru.
Projekty mají převážně charakter malého vědeckého projektu (například grantového) a získané výsledky jsou často podkladem pro publikaci v impaktovaném vědeckém časopise.
Po zapsání na projekt, k němuž dochází v hned v prvním semestru studia, naváže student okamžitě kontakt se laboratoří školitele, a ihned se zapojí do školení v jednotlivých experimentálních technikách. Rovněž se seznámí se s obsluhou přístrojového vybavení, jež je nutné k řešení diplomového projektu. Další průběh projektu, který trvá až do posledního semestru, je již individuální. U syntetických projektů se obvykle jedná jednak o vývoj nnových metod, jednak o přípravu nových typů sloučenin (obvykle vícestupňovými postupy), jejich izolaci a charakterizaci pomocí spektrálních metod. V rámci projektu jsou tak vyvíjeny nové nebo optimalizovány již popsané syntetické metody. V případě, že je nutné využít přístrojovou techniku či jinou metodiku, které není dostupná na mateřském pracovišti, naváže školitel odpovídající kontakty se spolupracujícím pracovištěm.
O projektu je pak v posledním semestru studia sepsána písemná diplomová práce v rozsahu přibližně 50 stran textu. Ta musí být předepsaným způsobem podána a následně obhájena.
Diplomová práce sestává z přehledu problematiky (tj. literární rešerše), výsledkové části a diskuze, experimentální části s detailním popisem jednotlivých postupů a charakterizací připravených sloučenin, a je doplněna relevantními literárními odkazy. Při obhajobě práce pak diplomant seznámí odbornou komisi během 10 minut se svými výsledky (je doporučena PowerPointová prezentace). Poté během 10 minut odpovídá na dotazy oponenta, komise a odborné veřejnosti. Práce je k dispozici ve formě tištěné kopie a dále elektronicky jako .pdf soubor v elektronickém systému SIS.