Chemická informatika II

Sylabus

1. Správa zdrojového kódu - přehled používaných systemů - CVS, SVN, GIT, MERCURIAL... - GIT, praktické příklady použití

2. Programovacího jazyk Python - úvod - práce z příkazové řádky - objektový přístup - zakladní použití - zpracování textových souborů (.txt, .csv, ..) - testování

3. Práce s HTML a XML soubory v jazyce Python - Python funkce pro internetovou komunikaci - automatické stahování stránek/souborů z webovych stranek - extrakce údajů z html stránky

4. Python a SQL databáze - přehled používaných SQL systémů - Python DB API - práce s daty

5. Chemicky orientované úlohy v jazyce Python - chemické strukturní formáty (SMILES, MOL, InChI, InChIKey, cml, ...) - Python knihovny pro práci s chemickými strukturami (openbabel, inchi)

6. Použití Python pro statistické výpočty a generování grafů - import datových souborů - prokladání funkcí - vizualizace - grafy

7. Použití Povray pro přípravu grafiky a animací v profesionální kvalitě - Povray skripty pro tvorbu 3D grafiky (Ray-tracing)

8. Webové aplikace - úvod - knihovní funkce Python pro tvorbu webového serveru - přehled webových frameworků v jazyce Python (Zope, Pylons, Django, Pylons, Flask, ...) - servery poskytující chemické služby

9. Tvorba webových aplikací s Django - úvod do Django frameworku - templátovací jazyk - propojení skriptů s webovou aplikací

10. Webová aplikace, JavaScript a jQuery - tvorba uživatelsky přívětivých AJAX aplikací

11. Testování webových aplikací - Selenium - Django testy

Anotace

Cílem předmětu je naučit základy programování ve skriptovacích jazycích (Python, Javascript, Povray) se zaměřením na řešení chemicky orientovaných problémů. Probíraná témata: Správa zdrojového kódu (GIT).

Základy jazyka Python, programové zpracování datových souborů (.xls, .csv., .txt, .xml, .html), práce s SQL databázemi, chemické strukturní formáty (SMILES, mol, InChI, cml, ...) a jejich konverze, hledání podle struktury. Použití numpy, matplotlib s využitím Jupyter pro statistické výpočty a generování grafů.

Použití Povray pro přípravu grafiky. Použití frameworku Django pro tvorbu webových aplikací.