1. Úvod – Taxonomie jako věda. Základní pojmy, hlavní úkoly, význam taxonomie pro ostatní biologické discipliny.
2. Teorie biologické klasifikace. Historie, Linné, Darwin a pokračovatelé. Základní teorie - esencialismus, nominalismus, empirismus, kladistika, evoluční systematika.
3. Vyšší taxony. Linnéovská hierarchie, rod, čeleď, řád, třída, kmen.
4. Kladistická analýza. Znaky plesiomorfní a apomorfní, sesterské skupiny, vážení znaků. Kategorie podobnosti, homologie a homoplasie. Určení apomorfie.
5. Evoluční systematika. Podobnost a příbuznost, adaptivní zóny, koncepce grádů a kládů. Srovnání klasifikačních metod.
6. Taxony různých úrovní. Skupina druhu, princip koordinace, převod druhů mezi rody. Taxony skupiny rodu a skupiny čeledi. Autorství. Homonymie a synonymie.
7. Nomenklatura. Pojem názvových typů v nomenklatuře. Typy ve skupině čeledi, rodu a druhu.. Cíl: Získat teoretické a praktické základy v oboru klasifikace a taxonomie organismů. Naučit se vnímat fosilní organismy jako součást taxonomického systému recentních organismů. Získat přehled o hlavních metodách taxonomie a nomenklatury.
Klasifikace a taxonomie se zabývá systematickým uspořádáním taxonů organismů. Moderní klasifikace a taxonomie jak fosilních tak recentních organismů vychází z evolučních principů.
Základem klasifikace v paleontologii jsou především morfologická data. Neocenitelnou výhodou paleontologických dat je možnost zařazení fosílií do reálného času vyplývající ze stratigrafie.
Nevýhodou paleontologického materiálu je téměř úplná absence DNA. Klasifikace živých organismů se v současnosti opírá především o výsledky analýz molekulární biologie, jejichž základem jsou data získaná analýzou DNA.
Nově se pro začlenění fosílií do klasifikace recentních orgnaismů znovu začín á uplatňovat využití morfologických dat, která doplňují data získaná biochemicky. Klasifikace a taxonomie úzce souvisí s nomenklaturou– naukou o názvosloví organismů.
Jedním z hlavních cílů taxonomie je vyjádřit co nejpřesněji systematické vztahy mezi organismy. Hlavním cílem nomenklatury je jednoznačně tyto organismy pojmenovat.