Sylabus
1. Statistické soubory, výpočet termodynamických veličin, korelační a distribuční funkce, ergodický teorém.
2. Meziatomové a mezimolekulové potenciály.
3. Integrace klasických pohybových rovnic - metody Verlet a prediktor-korektor (Gear)
4. Základy metod Monte Carlo. Metropolisova metoda generace kanonického souboru.
5. Simulační protokol: počáteční podmínky, vstupní parametry, periodické okrajové podmínky, interakční cutoff, Ewaldova sumace, simulace za konstantní teploty a za konstantního tlaku.
6. Metody vizualizace a analýzy výsledků.
7. Příklady využiti simulací molekulové dynamiky a Monte Carlo pro biofyzikální problémy. V rámci přednášky se bude konat jak teoretický výklad, tak praktické ukázky počítačových simulací.
Anotace
Úvod do metod molekulové dynamiky a Monte Carlo pro simulace molekulových systémů s aplikacemi pro biofyzikální problémy. Vhodné zejména pro magisterské studenty a doktorandy MFF UK a PřF UK.