Pokročilé metody molekulové dynamiky

Sylabus

1. Pokročilé metody Monte Carlo. Kanonické a grandkanonické MC. Kinetické MC.

2. Pokročilé metody vzorkování fázového prostoru. Termodynamická integrace. Poruchová metoda. „Deštníkové“ vzorkování. Potenciál střední síly. Metadynamika. Metoda Jarzynského.

3. Ab initio molekulová dynamika. Car-Parrinellova vs. Born-Oppenheimerova dynamika. DFT metody. Funkce báze.

4. Kvantové molekulové dynamiky. Vlnový balík pro popis pohybu jader. Adiabatická separace pohybu jader a elektronů. Počáteční kvantový stav systému. Numericky přesná integrace časové Schrodingerovy. Aproximativní metody pro mnohačásticové systémy.

5. Metody analýzy trajektorií.

Anotace

Předmět je vhodný zejména pro magisterské studenty a doktorandy na MFF UK a PřF UK. Doporučena je předchozí znalost základů molekulových simulací, kvantové mechaniky a statistické termodynamiky.

Přednáška zahrnuje kromě teoretického výkladu také četbu a diskusi odborných publikací.