Sylabus
Úvod do základů metod výpočetní chemie Povrchy potenciální energie Metody empirických potenciálů, silová pole, polarizovatelné potenciály Metoda Molekulové Mechaniky - cvičení Metoda Monte Carlo Docking, Flexible Docking Molekulová dynamika, Quenching, Simulated annealing - cvičení Metoda Ewaldovy sumace, PME, LES Pokročilé metody odvozené od molekulové dynamiky, Free energy perturbation - cvičení Metody výpočtu volných energií PROFEC, Chemické Monte Carlo/ MD, MM/PBSA Metoda DFTB + r6 Metody QM/MM, Embeding Počítačové kódy Aplikace na biomolekuly, Drug design, Protein Folding Aplikace na komplexní molekulární systémy Molekulová grafika a vizualizace výsledků Metody 3D stereo vizualizace, rendering - cvičení
Anotace
Přednáška Počítačové simulace biomakromolekul si klade za cíl seznámit posluchače s metodami výpočetní chemie, s důrazem na aplikace pro biomakromolekuly (zejména DNA a bílkoviny) a jejich interakce s xenomolekulami a také pro komplexní molekulární systémy. Budou zahrnuty počítačové metody používané k navrhování nových léčiv ("drug design"). Dále budou demonstrovány postupy vedoucí nejen k určení struktury těchto systémů, ale též metody výpočtu termodynamických charakteristik. Kromě výpočetních metod budou široce aplikovány i metody trojrozměrného zobrazení pomocí počítačové grafiky. Velký důraz bude kladen na samostatnou práci studentů.