Sylabus
OSNOVA: 01) Strukturní databáze: proteiny (PDB), nukleové kyseliny (NDB), sekvenční alignment (Blast) 02) Vizualizace biomolekul: VMD / Chimera / ICM Molsoft 03) Homologní modelování: Modeller 04) Docking: AutoDock 05) In silico optimalizace inhibitoru: AutoGrow 06) Molekulární dynamika: AMBER / CHARMM / GROMACS / NAMD / Desmond / ACEMD / Yasara 07) Molekulární dynamika: nukleové kyseliny, proteiny, membrány, membránové proteiny 08) Molekulární dynamika: analýza trajektorií - ptraj, Curves+ 09) Molekulární dynamika: výpočet volné energie (ABF, alchymistické výpočty, MM-PBSA atd.) 10) Ab initio výpočty: Gaussian 11) Ab initio výpočty: GaussView / Chemcraft / Molden 12) Ab initio výpočty: parametrizace silových polí pro molekulárně-dynamické výpočty http://www.pdb.org/pdb/home/home.do - http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ - http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/, http://www.molsoft.com/ - http://salilab.org/modeller/ - http://autodock.scripps.edu/ - http://autogrow.ucsd.edu/ - http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ - http://ambermd.org/ - http://www.gromacs.org/ - http://www.acellera.com/products/acemd/ - http://www.yasara.org/ - http://gbio-pbil.ibcp.fr/Curves_plus/Curves+.html - http://www.gaussian.com/ - http://www.gaussian.com/g_prod/gv5.htm - http://www.chemcraftprog.com/ http://www.cmbi.ru.nl/molden/ - http://metavo.metacentrum.cz/
Anotace
Racionální návrh struktury léků, vyhledávání a vizualizace struktur biomolekul, hledání struktur s podobnou sekvencí v databázích nukleových kyselin a proteinů, alignment sekvencí zkoumané a známé struktury, homologní modelování 3D struktur proteinů, docking - nalezení energeticky výhodných způsobů navázání malé molekuly - ligandu do aktivního místa makromolekuly, receptoru, jehož 3D struktura je známá, efektivní algoritmy pro docking, molekulárně-dynamické simulace, parametrizace silových polí a popis topologie neobvyklých molekulárních systémů, procvičení práce s řadou softwarových balíků.
