Bioinformatické algoritmy, databáze a nástroje

Sylabus

- Úvod. Existující nukleotidové a proteinové databáze.

- Sekvenční podobnost DNA, RNA a protenů.

- Efektivní vyhledávání v databázích proteinových sekvencí.

- Vyhledávání motivů.

- Vícenásobná sekvenční podobnost.

- Stavba fylogenetických stromů.

- Algoritmy pro uření podobnost proteinových struktur

- Predikce proteinové struktury.

Anotace

Přednáška představí aktuálně používané algoritmy a přístupy pro analýzu DNA, RNA a proteinů.

Především půjde o algoritmy pro podobnostní modelování sekvencí a struktur biomolekul, fylogenetickou analýzu a predikci struktury.

Studenti se také dozví, jaké existují hlavní repositáře souvisejících biologických dat, jaká je struktura těchto dat a jak s nimi pracovat na programové úrovni.