1. Úvod a vymezení paleoekologie, paleoautekologie, paleosynekologie, paleoekologie vs. ekologie, bosystém, biosféra, ekosystém, biotop, biocen óza, biom, ekologická nika, životní prostředí (mořské, terestrické), ekologická valence, zákon minima, tolerance, stenovalentní, euryvalentní, abiotické ekologické faktory (substrát, světlo, teplota, CO2, O2, tlak, vlhkost, srážky, proudění, salinita).
2. Biotické ekologické faktory, vnitrodruhové a mezidruhové vztahy, populace, paleopopulace (rozmístění jedinců v populaci, hustota populace, mortalita, natalita, migrace, složení populace, kolísání abundance, r a K stratégové), intraspecifické vztahy (society, sociabilita, teritorium), interspecifické vztahy (neutralismus, komenzalismus, protokoperace, mutualismus, amenzalismus, kompetice, parazitismus, predace) chemické interakce (autotoxiny, feromony), allelochemické látky (allomony, kairomony, sinomony, inhibitory), biofágové nekrofágové, tafonomie (biocenosa, nekrocenosa, tanatocenosa, tafocenosa, oryktocenosa), sukcese ekosystému (pionýrské druhy, klimax, rejuvenace), biocenotické principy, trofická struktura společenstva.
3. Sedimentární procesy a jejich záznam (RNDr. M. Rajchl, Ph.D., ČGS)
4. Vybraná sedimentární prostředí a jejich interpretace (RNDr. M. Rajchl, Ph.D., ČGS)
5. Paleoekologie moře (RNDr. M. Košťák, Ph.D., PřF UK)
6. Paleoekologie jezera (RNDr. M. Rajchl, Ph.D., ČGS)
7. Paleoekologie suchozemského prostředí I: suchozemští živočichové (RNDr. M. Mazuch, Ph.D., PřF UK)
8. Paleoekologie suchozemského prostředí II: suchozemské rostliny ? abiotické faktory (teplota, srážky, klimadiagram, humidita, aridita, klimatické a vegetační dělení podle Köppena a Wolfa, substrat, rašeliniště)
9. Paleoekologie suchozemského prostředí III: suchozemské rostliny ? fyziognomie, fyziognomická klasifikace rostlin, vegetační patra (E4-E0), adaptace rostlin na specifické podmínky prostředí, paleoekologická rekonstrukce (floristický a fyziognomický přistup), CLAMP a NLR metody, interpretace palynologického záznamu
V úvodu jsou definovány základní metody a principy paleoekologie včetně zavedení nejvýznamnějších pojmů (paleoautekologie, paleosynekologie, abiotické, biotické faktory, tafonomie, specifikace rozdílů paleontologie vs ekologie, populace vs. paleopopulace, a sedimentární procesů a jejich záznam ve vybraných sedimentární prostředí a jejich interpretace). Dále je kladen důraz na podrobnou charakteristiku paleoekologických aspektů moře, jezer a paleoekologie suchozemského prostředí s přehlednutím na specifika faunistických a floristických aspektů v historickém kontextu (zvl. ve fanerozoiku).
Samostatně je řešena problematika migrační cest a pevninských mostů a metody paleoklimatické a paleoenvironmentální rekonstrukce (CLAMP, CoA, LMA a ELPA včetně specifik interpretace palynologického záznamu).