Postgraduální doktorsk é studium není členěno na "předměty" ani "tématické bloky", ale probíhá podle individuálních studijních plánů.
Pro studenty daného programu jsou však každoročně vypisovány semináře doktorandů, které jsou tradiční platformou setkávání a vzájemné komunikace doktorandů s akademickými pracovníky, místem dalšího odborného vzdělávání a jedním z nástrojů zapojování studentů do vědeckých projektů příslušných akademických pracovišť.
Seminář vychází z potřeb studentů, kteří pokrývají spektrum dílčích oborů praktické a ekumenické teologie.
Zahrnuje jednak metodologickou průpravu a studentské prezentace průběžných výsledků dosavadního bádání i jejich kritický rozbor. Cílem této části semináře je naučit studenty zřetelně formulovat postup vlastní práce, zřetelně formulovat její výsledky a umožnit studentům vzájemnou diskuzi ohledně těchto výsledků, vybudovat jejich kompetenci hájit i kriticky posuzovat svá stanoviska i stanoviska druhých. Druhá část semináře je orientována na nové poznatky v oboru. Zde se jedná jednak o četbu a komentář vybraných textů k tématu, které souvisí s bádáním studentů a vede je na větší hloubku ve vlastním oboru i k mezioborové diskusi (v minulosti těmito tématy byly např. hermeneutika zkušenosti, vztah mezi kritickými a před-kritickými metodami výkladu Písma v různých konfesích, kulturní a ideologický vliv na teologii v komunistické a post-komunistické době, pohostinnost a otevřenost vůči druhému v teologickém personalismu). Tato část semináře obvykle zahrnuje také přípravu tematické mezinárodní konference. Studenti mají jednak povinnost aktivně se podílet na přípravách konference, dále prezentovat zde výsledky své práce v cizím jazyce a aktivně se zapojit do diskusí se zahraničními odborníky v některém ze světových jazyků. Náplň druhé části semináře i téma konference se určuje po dohodě s účastníky v návaznosti na aktuální priority a probíhající vědecké projekty pracovišť, případně dle aktuální nabídky vedoucích semináře (např. v případě hostujících profesorů).