Úvod do bioinformatiky
- Bioinformatika – vymezení problematiky, historie a základní úlohy
- Úvod do molekulární biologie – struktura DNA a její analýza, geny, proteiny
Základní bioinformatické algoritmy:
- Úplné prohledávání – mapování restrikcí, vyhledávání motivů
- Hladové algoritmy – přeuspořádání genomu, vyhledávání motivů
- Dynamické programování – podobnost DNA sekvencí, alignment sekvencí, alignment s penalizací děr, predikce genů
- Algoritmy typu rozděl a panuj – prostorově a časově efektivní alignment sekvencí
- Grafové algoritmy – DNA sekvencování, sekvencování proteinů a jejich identifikace, sekvencování peptidů
- Kombinatorické algoritmy pro vyhledávání vzorů – exaktní vyhledávání vzorů, klíčové stromy, sufixové stromy, heuristické vyhledávání podobnosti, aproximativní vyhledávání vzorů, BLAST a FASTA
Pokročilé bioinformatické algoritmy:
- Skryté Markovovy modely – dekódovací algoritmus, odhad parametrů HMM
- Randomizované algoritmy a vyhledávání motivů – Gibbsovo vzorkování, náhodné projekce
- Zjišťování podobnosti pomocí komprese