PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI.

Úvod do proteomiky. Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny , peptidy a jejich vlastnosti, pufry, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody - chromatografické a elektroforetické. Specifika příparvy

vzorku v proteomice, digesce vzorku na peptidy, proteázy a chemické štěpení, čištění a separace peptidů.

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE PROTEINŮ.

Hmotnostní spektrometrie. Instrumentace a principy. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, typy ionizace , analyzátory, detektory, citlivost, rozlišení. Principy identifikace peptidů a proteinů, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, databáze. Bottom-up a Top-down analýza. Analýza posttranslačních modifikací.

SHOT-GUN PŘÍSTUPY, KVANTIFIKACE PROTEINŮ.

LC-MS/MS. Data-dependent analýza versus data-independent analýza. Label-free kvantifikace a cílené kvantitativní metody. Metody založené na značení stabilními izotopy. TMT, iTRAQ, SILAC, dimetylace, Design experimentu, zpracování data bioinformatické možnosti.

SPECIÁLNÍ METODY.

Proteomická analýza membránových proteinů. Studium proteinových komplexů a imunoprecipitace. Klinická proteomika, biomarkery, tělní tekutinym a specifika práce s lidským biologickým materiálem, Single-cell proteomika