Molekulární taxonomie, prokaryotní druh

prokaryotní x eukaryotní druh, fylogenetické markery a jejich citlivost, jednogenové x vícegenové x celogenomové přístupy

Raná evoluce prokaryot a hlavní členění

hlavní členění prokaryot a jeho objev, LUCA a jeho predikované vlastnosti, prokaryota jako hybatelé rané evoluce planetárního ekosystému, vznik eukaryot z archeí

Systematika I

Terrabacteria: nejdůležitější taxony, jejich evoluce a znaky

Systematika II

Hydrobacteria: nejdůležitější taxony, jejich evoluce a znaky

Zdroje a mechanismy evoluční variability

bodové mutace, posuvové mutace (contingency loci), repetitivní sekvence, IS elementy, hypermutabilita (mutační rychlost, evoluce evolvability), horizontální genový přenos a mobilní genetické elementy (taxonomická specificita)

Evoluce patogenicity

evoluční trajektorie od volně žijící bakterie k patogenovi, adaptace na imunitní systém, intracelularita, obligátní asociace s hostitelem, geneticky monomorfní patogeny

Evoluce obrany

obrana prokaryot před sobeckými genetickými elementy (CRISPR, restrikčně – modifikační systémy), obranné mechanismy sobeckých elementů před obrannými mechanismy hostitele, evoluce rezistence k antibiotikům

Evoluce kooperace

nutriční symbiózy (mízosavý hmyz, hydrotermální vývěry, hlízkové bakterie), bioluminiscentní symbiózy