Součástí kurzu je den, kdy přednáší odborníci z laboratoří, kteří jsou specialisty pro jednotlivé obory (např. molekulární patolog, pracovník laboratoře pro prenatální testování, biotechnolog apod).

Sylabus

1. Pre-analytická a analytický fáze testování v klinické a výzkumné laboratoři: Příprava vzorků pro testování biologických molekul (izolace buněčných subtypů, izolace DNA/RNA/miRNA, proteinů z různých vzorků (tkáně, tělní tekutiny, fixovaná tkáň). Kontrola kvality nukleových kyselin.

2. Práce se sekvencemi (genetické databáze, sestřihové varianty, navrhování primerů a navrhování experimentů).

3. Analýza genové exprese (real-time PCR se zaměřením se na absolutní, relativní kvantifikaci, next generation sequencing, microarrays).

4. Diagnostické metody

 biomarker prognostický, prediktivní v klinických studiích - na příkladu tekuté biopsie- cirkulujících nádorových buněk, volné cirkulující DNA nádorové, volné cirkulující DNA v průběhu prenatálního testování

 základy klinických studií pro testování biomarkerů

 základy cytogenetiky (histochemie, imunohistochemie, FISH)

 analýza mutací PCR, RFLP, multiplex ligation specific probe amplification (MLPA), sekvenace, next generation sequencing (NGS), miRNA, microarrays, digitální PCR

 imunoanalýza proteinů (ELISA, western blotting, epispot)

 epigenetická analýza: volná cirkulující DNA, metylace

 základy genomiky a genomické analýzy: sekvenování, sekvenování nové generace a jeho implementace do klinické diagnostiky

Kurz probíhá v bloku a je založen na přednáškách a řešení případných praktických úkolů. Návštěva laboratoří včetně možnosti sekvenování (NGS) je nabízena studentům po domluvě.