Absolvent má znalosti z kvantové teorie a statistické fyziky molekul a molekulárních systémů, vedle toho i z experimentálních metod biofyziky a chemické fyziky, zejména optických a dalších spektroskopických metod, strukturní analýzy a zobrazovacích technik. Výběrem povinně volitelných předmětů a diplomové práce dosáhne hlubšího vzdělání v oblasti kvantové chemie, molekulární dynamiky či pokročilé teoretické spektroskopie.

Prostřednictvím pravidelných seminářů získají studenti představu o současných problémech řešených v jednotlivých oborech a o metodách vědecké práce. Nabyté vzdělání nabízí absolventům uplatnění i v mezioborových týmech zabývajících se fyzikou, biologií, chemií, medicínou, materiálovým výzkumem, bio- a nano-technologiemi či farmacií.