- Evoluční biologie🇨🇿 NMgr. | Přírodovědecká fakulta
- Genetika, molekulární biologie a virologie se specializací Molekulární biologie a genetika prokaryotických a eukaryotických mikroorganismů🇨🇿 NMgr. | Přírodovědecká fakulta
- Genetika, molekulární biologie a virologie se specializací Molekulární biologie a genetika eukaryot🇨🇿 NMgr. | Přírodovědecká fakulta
- Zoologie se specializací Evoluční genetika živočichů🇨🇿 NMgr. | Přírodovědecká fakulta
- Makromolekulární chemie🇨🇿 NMgr. | Přírodovědecká fakulta
- Mediální a teritoriální studia🇬🇧 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Teritoriální studia se specializací Balkánská, euroasijská a středoevropská studia🇨🇿 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Teritoriální studia se specializací Evropská studia🇨🇿 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Teritoriální studia se specializací Německá a rakouská studia🇨🇿 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Teritoriální studia se specializací Severoamerická studia🇨🇿 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Teritoriální studia se specializací Západoevropská studia🇨🇿 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Balkánská, euroasijská a středoevropská studia se specializací Ruská a eurasijská studia🇬🇧 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Balkánská, euroasijská a středoevropská studia se specializací Balkánská a středoevropská studia🇬🇧 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Teritoriální studia🇬🇧 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- Mezinárodní magistr v ekonomii, politice a společnosti se specializací Politika a bezpečnost🇬🇧 NMgr. | Fakulta sociálních věd
- European Politics and Society: Vaclav Havel Joint Master Programme🇬🇧 NMgr. | Fakulta sociálních věd