Nejvhodnější indikací u kapslové endoskopie u idiopatických střevních zánětů je suspektní Crohnova choroba. Kapsle může detekovat časné postižení tenkého střeva Crohnovou chorobou přehlédnuté tradičními rentgenovými metodami.
Senzitivita vyšetření je vyšší než u push enteroskopie, CT/MR enteroklýzy. Kapslová endoskopie u diagnostikované Crohnovy choroby, IBD neklasifikované kolitidy a ulcerózní kolitidy napomůže přesné diagnóze nebo lépe určí rozsah postižení chorobou.
Může dojít k retenci kapsle. Přítomnost stenózy je kontraindikací kapslové endoskopie.
Index aktivity pro tíži postižení při kapslové endoskopii není dosud obecně akceptován a prospektivně zhodnocen. Zhodnocení výtěžnosti a klinické prospěšnosti kapslové endoskopie u Crohnovy choroby vyžaduje další zkoumání.