Strukturní a dynamické změny serum response elementu a jaderné domény serum response faktoru indukované jejich asociací
Abstrakt
Transkripční aktivita serum response faktoru (SRF) je závislá na vazbě na CC(A/T)6GG box (CArG box) serum response elementu (SRE). Ramanou spektroskopií jsme uskutečnili srovnávací analýzu, v roztoku, komplexů získaných spojením jádra SRF s 20merem SRE spojeném s divokým typem a mutovanými c-fos CArG boxy.
V případě asociace s divokým typem c-fos CArG boxu komplex nepřinesl očekávané Ramanovy znaky odpovídající stabilnímu ohybu cílového SRE ale podržel si vzájemně proměnnou ohyb–lineární konformaci oligonukleotidu. Populace lineárního konformeru je větší než u volného oligonukleotidu.
V jádru SRF divokého typu ukazuje velká spektrální změna spojená s CO-skupinami z Asp a/nebo Glu zbytků, že jejich ionizační stavy a síla interakcí klesají v porovnání s mutovanými nespecifickými komplexy.