Třebaže výsledky kontaminace povrchové vody už v současnosti nejsou natolik alarmující jako v minulosti, situace v toku ještě zdaleka není p říznivá. O tom svědčí dlouhodobá kontaminace dalších složek vodního ekosystému, v tomto případě biofilmů a sedimentů, které odrážejí dlouhodobější stav toku a zároveň samy o sobě mohou sloužit jako sekundární zdroje znečištění při změnách vnějších podmínek (povodně, sucho, větší proud, změna pH, koncentrace kyslíku atd.).
Znečištění nesené z Bíliny má vliv na tok Labe. V souvislosti s kontaminací DDT (a jeho metabolity) a HCH je Bílina zmiňována jako jeden z tzv. „hot spots“ (současně s řekou Mulde (Bitterfeld), Teltowkanal (Berlín), Hafengewasser (Hamburg)).