Evoluce sociálního chování může být usnadněna specifickými změnami v organizaci genomu, které snižují genetickou variabilitu jedinců v kolonii a podporují tak vzájemnou spolupráci. Jedná se zejména o haplodploidii blanokřídlých a komplexní heterozygotnost některých všekazů.
Zvláštní pozornost je věnována evoluci karyotypu sociálních pavouků. Diskutována je komplexní heterozygotnost objevená u některých ras australské maloočky Delena cancerides (Sparassidae).
Srovnání stepníků rodu Stegodyphus (Eresidae) s různými úrovněmi sociálního chování ukazuje na snižování diploidního počtu u kvazisociálních zástupců a na vznik kryptických sociálních druhů.