Systémový přístup k provádění auditu můžeme obecně popsat prováděním následujících postupných kroků: definice cílů auditu, definice klíčových opatření, identifikace a záznam opatření, dokumentaci existujících opatření, testování a vyhodnocení existujících opatření (vyhodnocení jejich slabých stránek), podrobné zpracování zprávy s doporučeními a závěry.