Druhá kapitola analyzuje koncept svobody svědomí, který je od počátků církve jedním ze základních prvků duchovní atmosféry CČSH. Upomíná na variabilitu jeho chápání a spory, které z těchto diferencí vznikaly.
Pozitivně jej hodnotí jako pramen neustálého napětí mezi osobním setkáním s Otcem v Duchu Kristově a naukovými principy církve. Vnímá jej v jeho otevřenosti k novým výzvám a v jeho schopnosti neustálé obnovy (ecclesia semper reformanda).