S ohledem k tomu, že cystadenomy jater jako benigní nádory mají maligní potenciál pro vznik cystadenokarcinomu, je nutné provést vždy jejich chirurgické odstranění - resekci či enukleaci. Vzhledem k jejich centrální lokalizaci patří jejich chirurgická léčba k obtížnějším výkonům na jaterním parenchymu.