SimTandem: Podobnostní vyhledávání v databázích hmotnostních spekter

Abstrakt

SimTandem je aplikace pro rychlou identifikaci proteinových a peptidových sekvencí z tandemových hmotnostních spekter. Identifikace je založena na podobnostním vyhledávání spekter získaných pomocí spektrometru v databázi teoretických spekter generovaných z databáze již známých proteinových sekvencí.

Vzhledem k tomu, že množství proteinových sekvencí v databázích v posledních letech rapidně roste a sekvenční průchod celé databáze je značně časově náročný, aplikujeme nemetrické přístupové metody jako databázovou indexovací techniku. SimTandem je založen na dříve publikované metodě a je volně dostupný na http://www.simtandem.org nebo http://www.siret.cz/simtandem.

Klíčová slova

• identifikace proteinových sekvencí
• tandemová hmotnostní spektrometrie
• podobnostní vyhledávání
• nemetrické přístupové metody
• SimTandem