Historik, sociolog a filozof František Pavel Novotný se narodil 25. 11. 1925 ve Stránčicích u Prahy. Jeho otec František Novotný byl významným sociálně demokratickým, odborovým a tělovýchovným pracovníkem.
František Pavel Novotný vystudoval Vyšší hospodářskou školu v Plzni,Vysokou školu politickou a sociální a Filosofickou fakultu Univerzity Karlovy v Praze. V letech 1950 až 1970 sloužil v armádě: po absolvování základního výcviku a vojenském vzdělání se stal redaktorem dějin a sociálních věd, mj. ve vojenskopolitickém časopise A-revue.
Po vpádu vojsk Varšavské smlouvy byl z armády propuštěn a pracoval nejdříve jako skladový dělník a později jako pedagog v Ústředním domu pionýrů a mládeže. V roce 1990 byl rehabilitován, povýšen do hodnosti plukovníka v záloze a stal se poradcem náměstka ministra obrany pro sociální a humanitární věci.
V tu dobu položil i základy duchovní služby v armádě. Po odchodu ze služeb Ministerstva obrany se stal pedagogem na Katolické teologické fakultě a spolupracoval s Fakultou sociálních věd UK.