Abstrakt
RNása L, klíčový enzym hostitelského obranného systému, je aktivována vazbou 2'-5'-spojenými oligoadenyláty (2-5A) na N-koncovou ankyrinovou doménu, jež způsobuje, že neaktivní monomer formuje katalyticky aktivní homodimer. Zaměřili jsme se na strukturní změny lidské RNásy L při vazbě čtyž rozdílných aktivátorů: přirozeného 2-5A4 a tří tetramerů s 3'-AMP koncovou skupinou zameněnou za ribo-, arabino- a xylo- fosfonátový analog AMP (pA3X).
Stupeň dimeriyace RNásy L a její stěpící aktivita byla při vazbě všech aktivátorů podobná. Ramanova spektroskopie kapkově nanášených povlaků (DCDR) poskytla obraz uniformní psektrální změny během vazby všech tetramerů, čímž ověřila stejný vazebný mechanismus.
Odhad sekundární struktury pro monomerní RNásu L je 44% alfa-helixu, 28% beta-skládaného listu, 17% beta-otoček a 11% neuspořádané struktury, přičemž dimerizace způsobuje drobný nárůst obsahu alfa-helixů a pokles beta-skládaných listů (ca. 2%). Dimerizace zasahuje přinejmenším tři Tyr, pět Phe a dvě Trp rezidua.
Alfa-beta strukturní přepínač může fixovat pozici domén v oblasti pantu (rezidua ca. 336-363) behem formování homodimeru.