Potrava kormorána velkého byla studována na základě (1) rozboru vývržků, jednotlivých kostí a zbytků ryb sesbíraných pod hřadovacími stromy a na základě (2) analýzy obsahu žaludků zastřelených ptáků na pěti lokalitách v povodí Vltavy. S využitím diagnostických kostí (maxillare, dentale, intermaxillare, praeoperculare, operculare, ossa pharyngea) bylo celkem v potravě kormorána velkého identifikováno 3 039 ryb 25 druhů (včetně jednoho hybrida) a 6 čeledí (Cyprinidae, Percidae, Esocidae, Salmonidae, Cottidae, Anguillidae).
Velikost rybí kořisti byla rekonstruována pomocí lineárních regresních závislostí mezi velikostí diagnostické kosti a celkovou délkou ryby (LT). Z dominantních druhů ryb (86,2 % potravy) byla plotice obecná (Rutilus rutilus) lovena ve velikosti 5-38 cm LT, okoun říční (Perca fluviatilis) ve velikosti 6-37 cm LT, ouklej obecná (Alburnus alburnus) ve velikosti 5-20 cm LT a jelec tloušť (Squalius cephalus) ve velikosti 7-35 cm LT.
Největší rybou ulovenou kormorány byl 46 cm dlouhý úhoř říční (Anguilla anguilla) a 41 cm dlouhý candát obecný (Sander lucioperca), nejtěžší pak plotice obecná o váze 755 g a okoun říční o váze 734 g. Rybářsky méně atraktivní druhy ryb jako je plotice obecná, cejn velký, ouklej obecná, jelec tloušť, okoun říční a ježdík obecný tvořily na jednotlivých lokalitách 67.0-98.1 % potravy kormorána velkého.