Vlastnosti systémů (krystaly, molekuly), jako jsou jejich stabilita, mechanické vlastnosti, hustota, infračervená a rentgenová spektra, atd., souvisejí s jejich strukturou. Je proto vhodné vytvořit algoritmy a programy, které jsou schopny vypočítat strukturu vyšetřovaných systémů, na základě jejíž znalosti budeme pak schopni odvodit poža - dované vlastnosti.
Molekulární simulace jsou jednou z těchto technik, které nám umožní strukturu daného systé - mu určit.