Lišejníky se vyznačují produkcí velkého množství sekundárních metabolitů, z nichž většina je specifická pouze pro tyto organismy. Lichenologov é běžně využívají tyto metabolity v odlišování jednotlivých druhů či rodů.
Z tohoto důvodu pracují s celou řadou metod detekce lišejníkových látek. K nejvýznamnějším patří stélkové reakce, chromatografie a mikrokrystalizační testy.