Výhodou metody rTMS je její neinvazivnost, možnost opakovat jednotlivé stimulace několikrát po sobě. Nezanedbatelnou výhodou oproti ostatním neuromodulačním metodám je i cena zařízení.
K tomu, aby metoda rTMS mohla být rutinně používána v algoritmu léčby chronické bolesti je nutno přesně stanovit množství a délku jednotlivých stimulací a tím zajistit optimální délku účinku této metody.