Střevní mikroflóra je postnatálně získaný orgán,který vytváří se slizničním imunitním systémem a slizniční bariérou gastrointestinální ekosystém. Mikrobiální enzymy štěpí substráty na biologicky významné substance.
Rozsah metabolických funkcí střevní mikroflóry je srovnatelný s metabolizmem jater.